Tarantino,
У Linux проблема в том, что сама идеология не способствует переносу коммерческого софта под десктоп. Т.е. это сделать можно, но значительно сложнее, чем для Mac/Windows. С версиями да, тут серьезная проблема. Все как Вы описали. Забавно, что есть подвижки от Microsoft, которая продвигает универсальную графическую десктопную платформу, работающую в т.ч. и под Linux. )
С другой стороны, в мире идет движение в сторону веб-программ, когда графическую оболочку по сути предоставляет браузер. Это снимает кучу проблем, поскольку веб-приложения не зависят от платформы.
И конечно, со специфическими устройствами типа тачскринов все непросто.
PS
Написал одновременно с Вами, не читал еще последнего поста. ))